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Enregistrement W2012532829 · doi:10.1099/ijs.0.032920-0

Flavobacterium compostarboris sp. nov., isolated from leaf-and-branch compost, and emended descriptions of Flavobacterium hercynium , Flavobacterium resistens and Flavobacterium johnsoniae

2011· article· en· W2012532829 sur OpenAlexaff
Joong-Jae Kim, Eiko Kanaya, Hang‐Yeon Weon, Yuichi Koga, Kazufumi Takano, Peter F. Dunfield, Soon-Wo Kwon, Shigenori Kanaya

Notice bibliographique

RevueINTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiology16S ribosomal RNAFlavobacteriumMicrobiologyPhylogenetic treeStrain (injury)BacteriaBotanyPseudomonasGeneBiochemistryGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A strictly aerobic, Gram-negative, yellow-pigmented, non-spore-forming rod, designated 15C3(T), was isolated from aerobic leaf-and-branch compost at EXPO Park in Osaka, Japan. Growth was observed at 9-33 °C (optimum 25 °C) and pH 5.6-7.9 (optimum pH 6.1-7.0). No growth occurred with >2% (w/v) NaCl. Strain 15C3(T) reduced nitrate to nitrogen and showed catalase activity but not oxidase activity. The predominant fatty acids were iso-C(15:0), iso-C(17:0) 3-OH and summed feature 3 (comprising C(16:1)ω7c and/or iso-C(15:0) 2-OH). The isolate contained phosphatidylethanolamine as the major polar lipid and menaquinone-6 as the major respiratory quinone. The G+C content of the genomic DNA of strain 15C3(T) was 33.6 mol%. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences showed that strain 15C3(T) belonged to the genus Flavobacterium and was most closely related to Flavobacterium hercynium WB 4.2-33(T) (96.9% sequence similarity). On the basis of phenotypic and phylogenetic distinctiveness, strain 15C3(T) is considered to represent a novel species in the genus Flavobacterium, for which the name Flavobacterium compostarboris sp. nov. is proposed. The type strain is 15C3(T) ( = KACC 14224(T) = JCM 16527(T)). Emended descriptions of F. hercynium, Flavobacterium resistens and Flavobacterium johnsoniae are also given.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,926
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,199 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations29
Publié2011
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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