Quantitative profiling of LNCaP prostate cancer cells using isotope‐coded affinity tags and mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Androgens are involved in the pathogenesis of diseases including adenocarcinoma of the prostate. These hormones are important for growth, maintenance, and integrity of structure and function of the prostate. Androgen-deprivation is currently the only effective systemic therapy for prostate cancer but the effects of androgens on the proteome are still poorly described. Here we quantitatively profile changes in the proteome of LNCaP human prostate cancer cells in response to androgen using the newly developed isotope-coded affinity tag (ICAT) labeling and two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectroscopy (2-D LC-MS/MS). ICAT enables the concurrent identification and comparative quantitative analysis of proteins present in various biological samples including human cell and tissue extracts. Quantification and identification of 139 proteins in complex protein mixtures obtained from androgen-stimulated and unstimulated LNCaP cells were achieved. Changes in levels of 77 proteins in response to androgens were detected. Some of these proteins have been previously reported to be regulated by androgens and include spermine synthase, fatty acid synthase and calreticulin precursor. A large number of proteins that have not been previously reported to be expressed in prostate cells were also quantitatively identified. Examples of these include members of the dual specificity protein phosphatase subfamily, "similar" to hypothetical protein DKFZp434B0328.1, "similar" to 14-3-3 protein zeta and "similar" to hypothetical protein 458, components of the actin cytoskeleton and a range of unknown/uncharacterized proteins. This catalogue of proteins provides an overview of the proteome of prostate cancer cells and the global changes that occur in response to androgens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».