Dynamic Changes in Gene Expression along the Rat Epididymis1
Notice bibliographique
Résumé
In the epididymis a series of complex, sequential events transform immature, spermatozoa into mature, motile sperm with fertilizing ability. These events are not intrinsic to germ cells but rather are a direct result of exposure to, and interaction with, the environment created by the epididymal epithelium. Regional differences along the epididymis are essential in the establishment of the environment required for sperm maturation. Although parts of this process have been identified, the molecular basis for the segment-specific differences and how they contribute to the process of sperm maturation, are not yet resolved. The identification of genes expressed in a region-specific manner will provide valuable insight into the functional differences between the regions. To characterize gene expression in the different regions of the epididymis, microarrays containing 1176 rat cDNAs were used to examine gene expression in the initial segment, caput, corpus, and cauda epididymidis of the adult Brown Norway rat. Overall, the cauda epididymidis expressed the most genes and the corpus epididymidis the fewest. A small percentage of genes (3%) were expressed highly (greater than fivefold the average expression on the array) along the tissue. Segment-specific gene expression for genes expressed at high levels was observed in all epididymal segments except the corpus epididymidis. Of the genes on the array, 36% were expressed in all four epididymal segments; expression changes that were a minimum of twofold in either direction between adjacent segments are discussed. The expression of cathepsins and oxidative stress-related genes was investigated. Six of the eight cathepsins on the array (B, C, E, H, L, and K) were expressed above twofold background and showed different levels of expression along the duct with cathepsin K showing the most dramatic change (i.e., a decrease of 87% between the initial segment and the corpus epididymidis). There was also differential expression along the epididymis of many genes associated with oxidative stress defenses. Using the power of expression array technology, we have identified novel transcripts expressed in a segment-specific manner and been able to assess how the expression of several selected gene families is modulated along the epididymis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».