A Genetic Polymorphism of <i>FREM1</i> Is Associated with Resistance against HIV Infection in the Pumwani Sex Worker Cohort
Notice bibliographique
Résumé
A subgroup of women enrolled in the Pumwani sex worker cohort remain seronegative and PCR negative for human immunodeficiency virus type 1 despite repeated exposure through high-risk sex work. Studies have shown that polymorphisms of genes involved in antigen presentation and viral restriction factors are associated with resistance to HIV infection. To discover other possible genetic factors underlying this HIV-resistant phenotype, we conducted an exploratory nonbiased, low-resolution, genome-wide single-nucleotide polymorphism (SNP) analysis comparing 60 HIV-resistant women to 48 HIV-infected controls. The SNP minor allele rs1552896, in an intron of FREM1, was significantly associated with the resistant phenotype (P = 1.68 × 10(-5); adjusted P = 2.37 × 10(-4); odds ratio [OR], 9.51; 95% confidence interval [CI], 2.82 to 32.05). We expanded the sample size by genotyping rs1552896 in the Pumwani cohort and comparing 114 HIV-resistant women to 609 HIV-infected controls and confirmed the association (P = 1.7 × 10(-4); OR, 2.67; 95% CI, 1.47 to 4.84). To validate the association in a second cohort, we genotyped 783 women enrolled in a mother-child health study and observed the minor allele of rs1552896 enriched in HIV-uninfected women (n = 488) compared to HIV-infected enrollees (n = 295) (P = 0.036; OR, 1.69; 95% CI, 0.98 to 2.93). Quantitative reverse transcription-PCR showed that FREM1 mRNA was highly expressed in tissues relevant for HIV-1 infection, and immunohistochemical analysis revealed that FREM1 protein is expressed in the ectocervical mucosa of HIV-resistant women. The significant association of rs1552896 with an HIV-resistant phenotype, together with the expression profile of FREM1 in tissues relevant to HIV infection, suggests that FREM1 is a potentially novel candidate gene for resistance to HIV infection.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».