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Enregistrement W2013048330 · doi:10.1093/nar/gku1017

HIV-2 genomic RNA accumulates in stress granules in the absence of active translation

2014· article· en· W2013048330 sur OpenAlexafffund
Ricardo Soto‐Rifo, Fernando Valiente‐Echeverría, Paulina S. Rubilar, Francisco García-de-Gracia, Emiliano P. Ricci, Taran Limousin, Didier Décimo, Andrew J. Mouland, Théophile Ohlmann

Notice bibliographique

RevueNucleic Acids Research · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueHIV Research and Treatment
Établissements canadiensMcGill UniversityJewish General Hospital
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésStress granuleBiologyRibonucleoproteinRNAGuide RNACell biologyMessenger RNPRNA-binding proteinTranslation (biology)Messenger RNACytoplasmMolecular biologyGeneticsGeneGenome

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

During the post-transcriptional events of the HIV-2 replication cycle, the full-length unspliced genomic RNA (gRNA) is first used as an mRNA to synthesize Gag and Gag-Pol proteins and then packaged into progeny virions. However, the mechanisms responsible for the coordinate usage of the gRNA during these two mutually exclusive events are poorly understood. Here, we present evidence showing that HIV-2 expression induces stress granule assembly in cultured cells. This contrasts with HIV-1, which interferes with stress granules assembly even upon induced cellular stress. Moreover, we observed that the RNA-binding protein and stress granules assembly factor TIAR associates with the gRNA to form a TIAR-HIV-2 ribonucleoprotein (TH2RNP) complex localizing diffuse in the cytoplasm or aggregated in stress granules. Although the assembly of TH2RNP in stress granules did not require the binding of the Gag protein to the gRNA, we observed that increased levels of Gag promoted both translational arrest and stress granule assembly. Moreover, HIV-2 Gag also localizes to stress granules in the absence of a 'packageable' gRNA. Our results indicate that the HIV-2 gRNA is compartmentalized in stress granules in the absence of active translation prior to being selected for packaging by the Gag polyprotein.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,056
Tête enseignante GPT0,347
Écart entre enseignants0,291 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations20
Publié2014
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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