A comparison of ITS and LSU nrDNA phylogenies of <i>Fulgensia</i> (Teloschistaceae, Lecanorales), a genus of lichenised ascomycetes
Notice bibliographique
Résumé
The phylogeny of the lichen genus Fulgensia Massal. & De Not. (Teloschistaceae, Lecanorales) is analysed using maximum parsimony and neighbor joining analyses of nuclear ITS and partial large subunit nuclear ribosomal DNA (nrDNA) sequences. Three matrices were analysed with maximum parsimony; an internal transcribed spacer nrDNA matrix, a large subunit nrDNA matrix, and a combined data set. The internal transcribed spacer region contributes 70% of the informative sites to the combined data set. The topology of the trees resulting from the analysis of the internal transcribed spacer region is identical to the tree topology resulting from the combined analysis, but it shows less resolution at basal parts of the tree. Two sites for putative spliceosomal introns in the large subunit nrDNA, at position 808 and 914 (relative to Saccharomyces cerevisiae) are reported. Fulgensia, as currently understood, is polyphyletic and some species have to be excluded. The molecular analyses identified groups of species within the genus that are also supported by anatomical and morphological characters. The results of the analyses are compared with existing classification concepts based on morphological and anatomical data.Key words: LSU, ITS, nrDNA, introns, Fulgensia, phylogeny.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».