A new serotyping method of S. pneumoniae using an automated microarray-based assay
Notice bibliographique
Résumé
Autolysin, pneumolysin and eight other genes located in the capsular operon were first amplified using multiplex PCR. This step was followed by a tagged primer extension step targeting serotype-specific polymorphisms. The tagged primers were then assigned to a specific spot on a microarray, and processed and scanned in an ISO-certified automated molecular diagnostic system, using a confocal laser microscope. Results from the assay were exported to the analysis software/expert system that transformed genetic typing data into capsular serotype identification. Using this new technology, 51 serotypes of S. pneumoniae can be precisely and uniquely identified, including the 13 types present in the new conjugate vaccine. The remaining 39 are assigned to a serogroup. Blood, CSF and nasopharyngeal samples from children with S. pneumoniae infection or carriage were tested and serotype was confirmed by sequence analysis. 26 different serotypes were detected and concordance between both methods was greater than 96%. This automated microarray assay is robust and could identify precise serotypes of S. pneumoniae directly from clinical samples. It is easy to handle and will be most useful in clinical settings and for the evaluation of serotype prevalence changes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».