A Case Study for Effects of Operational Taxonomic Units from Intracellular Endoparasites and Ciliates on the Eukaryotic Phylogeny: Phylogenetic Position of the Haptophyta in Analyses of Multiple Slowly Evolving Genes
Notice bibliographique
Résumé
Recent multigene phylogenetic analyses have contributed much to our understanding of eukaryotic phylogeny. However, the phylogenetic positions of various lineages within the eukaryotes have remained unresolved or in conflict between different phylogenetic studies. These phylogenetic ambiguities might have resulted from mixtures or integration from various factors including limited taxon sampling, missing data in the alignment, saturations of rapidly evolving genes, mixed analyses of short- and long-branched operational taxonomic units (OTUs), intracellular endoparasite and ciliate OTUs with unusual substitution etc. In order to evaluate the effects from intracellular endoparasite and ciliate OTUs co-analyzed on the eukaryotic phylogeny and simplify the results, we here used two different sets of data matrices of multiple slowly evolving genes with small amounts of missing data and examined the phylogenetic position of the secondary photosynthetic chromalveolates Haptophyta, one of the most abundant groups of oceanic phytoplankton and significant primary producers. In both sets, a robust sister relationship between Haptophyta and SAR (stramenopiles, alveolates, rhizarians, or SA [stramenopiles and alveolates]) was resolved when intracellular endoparasite/ciliate OTUs were excluded, but not in their presence. Based on comparisons of character optimizations on a fixed tree (with a clade composed of haptophytes and SAR or SA), disruption of the monophyly between haptophytes and SAR (or SA) in the presence of intracellular endoparasite/ciliate OTUs can be considered to be a result of multiple evolutionary reversals of character positions that supported the synapomorphy of the haptophyte and SAR (or SA) clade in the absence of intracellular endoparasite/ciliate OTUs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,009 | 0,027 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».