Significant Other Half of a Glycoconjugate: Contributions of Scaffolds to Lectin–Glycoconjugate Interactions
Notice bibliographique
Résumé
The glycan epitopes of natural and synthetic glycoconjugates exist as covalent attachments of well-defined inner structures or scaffolds. Macromolecules such as proteins, peptides, lipids, and saccharides and synthetic structures serve as scaffolds of glycoconjugates. It is generally perceived that the biological activities of glycoconjugates are determined mainly by the attached glycans, while the seemingly inert inner scaffolds play a passive role by providing physical support to the attached glycan epitopes. However, our data show that scaffolds actively influence lectin recognition and can potentially modulate lectin-mediated signaling properties of glycoconjugates. Through in vitro experiments, we found that the scaffolds significantly altered the thermodynamic binding properties of the covalently attached glycan epitopes. When a free glycan was attached to a scaffold, its lectin binding entropy became more positive. The level of positive entropic gain was dependent on the types of scaffolds tested. For example, protein scaffolds of glycoproteins were found to generate more positive entropy of binding than synthetic scaffolds. Certain scaffolds were found to have limiting effects on glycoconjugate affinity. We also found that scaffold-bearing glycans with a similar affinity or an identical valence demonstrated different kinetics of lattice formation with lectins, when the scaffold structures were different. Our data support the view that scaffolds of glycoconjugates (i) help the covalently attached glycans become more spontaneous in lectin binding and (ii) help diversify the lattice forming or cross-linking properties of glycoconjugates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».