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Enregistrement W2013660990 · doi:10.1096/fj.14-262717

MacroH2A1 isoforms are associated with epigenetic markers for activation of lipogenic genes in fat‐induced steatosis

2014· article· en· W2013660990 sur OpenAlexaff
Christine Podrini, Apostolos Koffas, Shilpa Chokshi, Manlio Vinciguerra, Christopher J. Lelliott, Jacqueline K. White, Hibret A. Adissu, Roger Williams, Azzura Greco

Notice bibliographique

RevueThe FASEB Journal · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLiver Disease Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésH3K4me3Chromatin immunoprecipitationEpigeneticsBiologySteatosisHistoneGene isoformLipogenesisHistone H3Molecular biologyGene expressionCell biologyPromoterLipid metabolismGeneEndocrinologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The importance of epigenetic changes in the development of hepatic steatosis is largely unknown. The histone variant macroH2A1 under alternative splicing gives rise to macroH2A1.1 and macroH2A1.2. In this study, we show that the macroH2A1 isoforms play an important role in the regulation of lipid accumulation in hepatocytes. Hepatoma cell line and immortalized human hepatocytes transiently transfected or knocked down with macroH2A1 isoforms were used as in vitro model of fat-induced steatosis. Gene expressions were analyzed by quantitative PCR array and Western blot. Chromatin immunoprecipitation analysis was performed to check the association of histone H3 lysine 27 trimethylation (H3K27me3) and histone H3 lysine 4 trimethylation (H3K4me3) with the promoter of lipogenic genes. Livers from knockout mice that are resistant to lipid deposition despite a high-fat diet were used for histopathology. We found that macroH2A1.2 is regulated by fat uptake and that its overexpression caused an increase in lipid uptake, triglycerides, and lipogenic genes compared with macroH2A1.1. This suggests that macroH2A1.2 is important for lipid uptake, whereas macroH2A1.1 was found to be protective. The result was supported by a high positivity for macroH2A1.1 in knockout mice for genes targeted by macroH2A1 (Atp5a1 and Fam73b), that under a high-fat diet presented minimal lipidosis. Moreover, macroH2A1 isoforms differentially regulate the expression of lipogenic genes by modulating the association of the active (H3K4me3) and repressive (H3K27me3) histone marks on their promoters. This study underlines the importance of the replacement of noncanonical histones in the regulation of genes involved in lipid metabolism in the progression of steatosis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,140
Score d'incertitude au seuil0,259

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,250
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations44
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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