A Systematic Assessment of Common Genetic Variation in <i>CYP11A</i> and Risk of Breast Cancer
Notice bibliographique
Résumé
CYP11A catalyzes the rate-limiting step in the biosynthesis of sex-steroid hormones. In this study, we employed a systematic approach that involved gene resequencing and a haplotype-based analysis to investigate the relationship between common variation in CYP11A and breast cancer risk among African-Americans, Latinas, Japanese-Americans, Native Hawaiians, and Whites in the Multiethnic Cohort Study. Resequencing in a multiethnic panel of 95 advanced breast cancer cases revealed no common missense variant (> or =5% frequency). Common haplotype patterns were assessed by genotyping 36 densely spaced single nucleotide polymorphisms (SNPs) spanning 67 kb of the CYP11A locus in a multiethnic panel of subjects (n = 349; 1 SNP/1.86 kb on average). We identified one to two regions of strong linkage disequilibrium in these populations. Twelve tagging SNPs were selected to predict the common haplotypes (> or =5% frequency) in these regions with high probability (average R(h)(2) = 0.94) and were examined in a breast cancer case-control study in the Multiethnic Cohort Study (1,615 cases and 1,962 controls). A global test for differences in risk according to common haplotypes over the locus was statistically significant (P = 0.006), as were associations with haplotypes in each block (block 1 global test, P = 0.008; haplotype 1D, effect per haplotype copy, odds ratios, 1.23; 95% confidence interval, 1.03-1.48) and block 2 (global test, P = 0.016; haplotype 2F odds ratios, 1.52; 95% confidence interval, 1.15-2.01). These haplotypes were most common in Japanese-Americans and Native Hawaiians, followed by Whites then Latinas, and were rare in African-Americans (<5% frequency); the haplotype effects on risk across each group were homogeneous. Based on these findings, CYP11A deserves further consideration as a candidate breast cancer susceptibility gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».