Parallels in rRNA Processing: Conserved Features in the Processing of the Internal Transcribed Spacer 1 in the Pre-rRNA from <i>Schizosaccharomyces </i>pombe
Notice bibliographique
Résumé
Despite the large differences in their length and nucleotide composition, comparative analyses of the internal transcribed spacer 1 (ITS1) of widely divergent eukaryotes have suggested a simple core structure consisting of a central extended hairpin and lesser hairpin structures at the maturing junctions [Lalev, A. I., and Nazar, R. N. (1998) J. Mol. Biol. 284, 1341-1351]. In this study, the ITS1 in the pre-rRNA transcripts of Schizosaccharomyces pombe cells was examined with respect to structural features that underlie rRNA maturation. When plasmid-associated rRNA genes were expressed in vivo, a deletion of any major hairpin structure significantly reduced or eliminated both small and large subunit RNAs. Only changes in the central extended hairpin or junction regions, however, entirely eliminated plasmid-derived RNAs or resulted in elevated precursor levels. Structure-disrupting base substitutions within the RAC protein complex binding site in the extended hairpin indicated that the secondary structure was critical for rRNA maturation; composition or other changes with respect to the binding site had only modest effects. A similar disruption at the junction with the 18S rRNA also had striking effects on rRNA maturation, including a highly elevated level of unprocessed precursor and a surprisingly critical effect on 5.8S rRNA production. As previously observed with the 3' external transcribed spacer, the results are consistent with a maturation mechanism in which an initial cleavage in the 5' junction region may be directed by the RAC protein complex. Although not critical to rRNA processing, analyses of termini based on S1 nuclease protection as well as cleavage studies, in vitro, with Pac1 ribonuclease raise the possibility that in eukaryotes, as previously observed in bacteria, the RNase III homologues normally initiate the separation of the subunit RNAs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».