Structure of PITPβ in Complex with Phosphatidylcholine: Comparison of Structure and Lipid Transfer to Other PITP Isoforms<sup>,</sup>
Notice bibliographique
Résumé
Phosphatidylinositol transfer protein (PITP) is a ubiquitous eukaryotic protein that preferentially binds either phosphatidylinositol or phosphatidylcholine and catalyzes the exchange of these lipids between membranes. Mammalian cytosolic PITPs include the ubiquitously expressed PITPalpha and PITPbeta isoforms (269-270 residues). The crystal structure of rat PITPbeta complexed to dioleoylphosphatidylcholine was determined to 2.18 A resolution with molecular replacement using rat PITPalpha (77% sequence identify) as the phasing model. A structure comparison of the alpha and beta isoforms reveals minimal differences in protein conformation, differences in acyl conformation in the two isoforms, and remarkable conservation of solvent structure around the bound lipid. A comparison of transfer activity by human and rat PITPs, using small unilamellar vesicles with carefully controlled phospholipid composition, indicates that the beta isoforms have minimal differences in transfer preference between PtdIns and PtdCho when donor vesicles contain predominantly PtdCho. When PtdCho and PtdIns are present in equivalent concentrations in donor vesicles, PtdIns transfer occurs at approximately 3-fold the rate of PtdCho. The rat PITPbeta isoform clearly has the most diminished transfer rate of the four proteins studied. With the two rat isoforms, site-directed mutations of two locations within the lipid binding cavity that possess differing biochemical properties were characterized: I84alpha/F83beta and F225alpha/L224beta. The 225/224 locus is more critical in determining substrate specificity. Following the mutation of this locus to the other amino acid, the PtdCho transfer specific activity became PITPalpha (F225L) approximately PITPbeta and PITPbeta (L224F) approximately PITPalpha. The 225alpha/224beta locus plays a modest role in the specificity of both isoforms toward CerPCho.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».