Guided deletion and mutagenesis analysis identified a tMEK2-responsive region in tomato lepr1b1 promoter
Notice bibliographique
Résumé
tMEK2MUT is a constitutively activated form of tMEK2, a mitogen-activated protein kinase kinase (MAPKK). Overexpression of tMEK2MUT in tomato results in transcriptionally upregulated expression of PR1b1, a pathogenesis-related (PR) protein. To identify the responsive regions in the lepr1b1 promoter, Arabidopsis homologues to known mammalian and yeast transcription factors (TFs) downstream of MAPKs in MAPK pathways were identified through database searches. Binding sites in the lepr1b1 promoter for these homologous TFs were analyzed using Transfac, a TF database, and MatInspector program. The analysis indicated that the promoter contains potential binding sites for two TFs, Elf1 and AP1. A protoplast transient expression system was used in deletion and mutagenesis analysis. Mutation of the Elf1 binding site blocked activation of the LePR1b1 gene by tMEK2MUT. Mutation of the AP1 binding sites and of the GCC or W box, two regulatory elements found in some defense-related genes, had no effect on the expression of PR1b1. Our findings suggest that Elf1 is a downstream TF from MAPKK tMEK2 and is involved in mediating LePR1b1 gene expression in defense-related MAPK pathways
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».