Abstract 240: Amplification status of GAS41 and MDM2 in lung adenocarcinomas
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Lung cancer is the leading cause of cancer death worldwide. High mortality rates are attributed to inefficient therapeutic strategies and a lack of screening for early detection. Identification of genes involved in lung cancer development may yield new molecular targets for diagnosis and treatment. It is well documented that the lung cancer genome harbors genetic alterations. We hypothesize that novel oncogenes can be discovered through characterization of chromosomal regions frequently amplified in lung adenocarcinoma. Methods: A panel of 169 matched lung adenocarcinoma tumors was studied. Genetic profiles describing copy number alterations and gene expression were generated by whole genome array comparative genomic hybridization and Affymetrix platforms respectively, and visualized using SIGMA2 software. Regions of DNA amplifications were identified using the GISTIC algorithm and integrated with expression data to determine if amplification is associated with overexpression in tumors relative to matched normal tissue. An MTT assay was used to investigate the effect of cell proliferation after shRNA-mediated knockdown in a cell line with DNA amplification. Survival analysis using multiple independent data sets was also performed to assess the clinical significance of gene amplification and overexpression. Results: A preliminary genome wide screen revealed Glioma Amplified Sequence 41 (GAS41) at 12q13-15 as frequently amplified and overexpressed in lung cancer. GAS41 suppresses cell cycle checkpoint genes p21 and p14, causing indirect repression of the p53 tumor suppressor, promoting tumorigenesis. Amplification of this gene has been reported in the earliest stages of glioma and astrocytoma. GAS41 is amplified in 16.57% of the lung adenocarcinoma tumors (28 of 169) analyzed and consistently overexpressed. Knockdown of GAS41 slowed cell proliferation, consistent with its biological function. Additionally, patients expressing high levels of GAS41 mRNA showed markedly poorer outcomes than those with lower expression. Conclusions: Our data highlights the tumorigenic potential of GAS41, suggesting that amplification of this gene may be a critical alteration in lung cancer. GAS41 amplification and subsequent activation may represent a novel mechanism driving lung tumorigenesis. The association of GAS41 expression with survival and its demonstrated effect on cell proliferation make it a potential prognostic marker and therapeutic target in lung cancer. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 101st Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2010 Apr 17-21; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2010;70(8 Suppl):Abstract nr 240.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».