Validating in utero electroporation for the rapid analysis of gene regulatory elements in the murine telencephalon
Notice bibliographique
Résumé
With the ultimate goal of understanding how genetic modules have evolved in the telencephalon, we set out to modernize the functional analysis of cross-species cis-regulatory elements in mouse. In utero electroporation is rapidly replacing transgenesis as the method of choice for gain- and loss-of-function studies in the murine telencephalon, but the application of this technique to the analysis of transcriptional regulation has yet to be fully explored and exploited. To empirically define the developmental stages required to target specific populations of neurons in the dorsal telencephalon, or pallium, which gives rise to the neocortex in mouse, we performed a temporal and spatial analysis of the migratory properties of electroporated versus birth-dated cells. Next, we compared the activities of two known Ngn2 enhancers via transgenesis and in utero electroporation, demonstrating that the latter technique more faithfully reports the endogenous telencephalic expression pattern observed in an Ngn2lacZ knock-in line. Finally, we used this approach to test the telencephalic activities of a series of deletion constructs comprised of the zebrafish ER81 upstream regulatory region, allowing us to identify a previously uncharacterized enhancer that displays cross-species activity in the murine piriform cortex and lateral neocortex, yet not in more medial domains of the forebrain. Taken together, our data supports the contention that in utero technology can be exploited to rapidly examine the architecture and evolution of pallial-specific cis-regulatory elements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».