E2F1 and KIAA0191 expression predicts breast cancer patient survival
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Gene expression profiling of human breast tumors has uncovered several molecular signatures that can divide breast cancer patients into good and poor outcome groups. However, these signatures typically comprise many genes (~50-100), and the prognostic tests associated with identifying these signatures in patient tumor specimens require complicated methods, which are not routinely available in most hospital pathology laboratories, thus limiting their use. Hence, there is a need for more practical methods to predict patient survival. METHODS: We modified a feature selection algorithm and used survival analysis to derive a 2-gene signature that accurately predicts breast cancer patient survival. RESULTS: We developed a tree based decision method that segregated patients into various risk groups using KIAA0191 expression in the context of E2F1 expression levels. This approach led to highly accurate survival predictions in a large cohort of breast cancer patients using only a 2-gene signature. CONCLUSIONS: Our observations suggest a possible relationship between E2F1 and KIAA0191 expression that is relevant to the pathogenesis of breast cancer. Furthermore, our findings raise the prospect that the practicality of patient prognosis methods may be improved by reducing the number of genes required for analysis. Indeed, our E2F1/KIAA0191 2-gene signature would be highly amenable for an immunohistochemistry based test, which is commonly used in hospital laboratories.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».