Free Energy Barrier Estimation for the Dissociation of Charged Protein Complexes in the Gas Phase
Notice bibliographique
Résumé
Free energies are calculated for the protonated cytochrome c' dimer ion in the gas phase as a function of the center of mass distance between the monomers. A number of different charge partitionings are examined as well as the behavior of the neutral complex. It is found that monomer unfolding competes with complex dissociation and that the relative importance of these two factors depends upon the charge partitioning in the complex. Symmetric charge partitionings preferentially suppress the dissociation barrier relative to unfolding, and complexes tend to dissociate promptly with little structural changes occurring in the monomers. Alternatively, asymmetric charge partitionings preferentially lower the barrier for monomer unfolding relative to the dissociation barrier. In this case, the monomer with the higher charge unfolds before the complex dissociates. For the homodimer considered here, this pathway has a large free energy barrier. The results can be rationalized using schematic two-dimensional free energy surfaces. Additionally, for large multimeric complexes, it is argued that the unfolding and subsequent charging of a single monomer is a favorable process, cooperatively lowering both the unfolding and dissociation barriers at the same time.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».