Molecular Definition of Vaginal Microbiota in East African Commercial Sex Workers
Notice bibliographique
Résumé
Resistance to HIV infection in a cohort of commercial sex workers living in Nairobi, Kenya, is linked to mucosal and antiinflammatory factors that may be influenced by the vaginal microbiota. Since bacterial vaginosis (BV), a polymicrobial dysbiosis characterized by low levels of protective Lactobacillus organisms, is an established risk factor for HIV infection, we investigated whether vaginal microbiology was associated with HIV-exposed seronegative (HESN) or HIV-seropositive (HIV(+)) status in this cohort. A subset of 44 individuals was selected for deep-sequencing analysis based on the chaperonin 60 (cpn60) universal target (UT), including HESN individuals (n = 16), other HIV-seronegative controls (HIV-N, n = 16), and HIV(+) individuals (n = 12). Our findings indicate exceptionally high phylogenetic resolution of the cpn60 UT using reads as short as 200 bp, with 54 species in 29 genera detected in this group. Contrary to our initial hypothesis, few differences between HESN and HIV-N women were observed. Several HIV(+) women had distinct profiles dominated by Escherichia coli. The deep-sequencing phylogenetic profile of the vaginal microbiota corresponds closely to BV(+) and BV(-) diagnoses by microscopy, elucidating BV at the molecular level. A cluster of samples with intermediate abundance of Lactobacillus and dominant Gardnerella was identified, defining a distinct BV phenotype that may represent a transitional stage between BV(+) and BV(-). Several alpha- and betaproteobacteria, including the recently described species Variovorax paradoxus, were found to correlate positively with increased Lactobacillus levels that define the BV(-) ("normal") phenotype. We conclude that cpn60 UT is ideally suited to next-generation sequencing technologies for further investigation of microbial community dynamics and mucosal immunity underlying HIV resistance in this cohort.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».