Cellular reporter screens for inhibitors of Burkholderia pseudomallei targets in Pseudomonas aeruginosa
Notice bibliographique
Résumé
To facilitate the discovery of new therapeutics for Burkholderia pseudomallei infections, we have developed cellular reporter screens for inhibitors of B. pseudomallei targets in the surrogate host Pseudomonas aeruginosa. Pseudomonas aeruginosa strains carrying deletions of essential genes were engineered to be dependent on the isopropyl-beta-D-thiogalactopyranoside (IPTG)-regulated expression of their B. pseudomallei orthologues on a broad-host-range plasmid. Pseudomonas aeruginosa genes which are upregulated in response to depletion of each target gene product, were fused to the Photorhabdus luminescens luxCDABE operon via pGSV3-lux-Sp(R) to generate reporter strains with increased bioluminescence upon target inhibition. A total of 11 of 19 B. pseudomallei genes complemented deletions of their orthologues in P. aeruginosa. The dependence of growth on IPTG levels varied from complete dependence (ftsQ, gyrA, glmU, secA) to slower growth in the absence of IPTG (coaD, efp, mesJ), to apparently normal growth in the absence of IPTG (ligA, lpxA, folA, ipk). Reporter screening strains have been constructed for three gene targets (gyrA, glmU, secA), and one (gyrA) has been applied to 68,000 compounds resulting in a primary hit rate of 0.5% and a confirmed hit rate of 0.06%, including several fluoroquinolones. These results provide proof of principle for surrogate cellular reporter screens as a useful approach to identify inhibitors of essential gene products.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».