Systems-level approaches for identifying and analyzing genetic interaction networks in <i>Escherichia coli</i> and extensions to other prokaryotes
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Molecular interactions define the functional organization of the cell. Epistatic (genetic, or gene-gene) interactions, one of the most informative and commonly encountered forms of functional relationships, are increasingly being used to map process architecture in model eukaryotic organisms. In particular, 'systems-level' screens in yeast and worm aimed at elucidating genetic interaction networks have led to the generation of models describing the global modular organization of gene products and protein complexes within a cell. However, comparable data for prokaryotic organisms have not been available. Given its ease of growth and genetic manipulation, the Gram-negative bacterium Escherichia coli appears to be an ideal model system for performing comprehensive genome-scale examinations of genetic redundancy in bacteria. In this review, we highlight emerging experimental and computational techniques that have been developed recently to examine functional relationships and redundancy in E. coli at a systems-level, and their potential application to prokaryotes in general. Additionally, we have scanned PubMed abstracts and full-text published articles to manually curate a list of approximately 200 previously reported synthetic sick or lethal genetic interactions in E. coli derived from small-scale experimental studies.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle