Two new fungal inteins
Notice bibliographique
Résumé
Until recently the only intein known to be encoded by the nuclear genome of a eukaryote was the VMA intein in the vacuolar ATPase precursor of several species of saccharomycete yeast. This intein has been intensively studied and much information has been gained about its structure, mode of action and evolutionary history. We recently reported a second nuclear intein, Cne PRP8, encoded within the PRP8 gene of the basidiomycete Cryptococcus neoformans. Subsequent studies have found allelic PRP8 inteins in several species of yeast and filamentous ascomycetes. Here we report two further, non-allelic, inteins from ascomycete species. The yeast Debaryomyces hansenii (which also has a VMA intein) has an intein encoded within the sequence of the glutamate synthase gene (GLT1). There are also inteins encoded in the homologous GLT1 genes of the yeast Candida (Pichia) guilliermondii and the filamentous fungus Podospora anserina. These allelic GLT1 inteins occupy exactly the same site in the glutamate synthase and all contain domains that indicate the presence of a homing endonuclease (HEG). Podospora anserina, in addition, contains a second, non-allelic, intein encoded in the chitin synthase gene (CHS2); this intein also contains a HEG domain. We describe the phylogenetic relationships among the four eukaryote nuclear encoded inteins (VMA, PRP8, GLT1 and CHS2). We also consider this phylogeny in the broader context of eubacterial, archaeal and eukaryote viral and organelle inteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».