Evidence of recombination producing allelic diversity in MHC class I <i>Mafa‐B</i> and <i>‐A</i> alleles in cynomolgus macaques
Notice bibliographique
Résumé
The MHC class I-A and -B genes of cynomolgus macaques are highly polymorphic. These genes encode proteins presenting peptides to CD8+ T cells to initiate adaptive immune response. Recombination events are one way the diversity of these alleles can be increased. Such events have been well characterized in humans, but have not been as well characterized in macaques. In order to identify and examine recombinations that create new alleles, it is important to analyze intron sequences. Intron sequences have been shown to be important to understand the evolutionary mechanisms involved in the generation of major histocompatibility complex (MHC) alleles and loci. Thus far, there have been relatively few intron sequences reported for MHC class I alleles in macaques, and this has hampered the understanding of MHC organization and evolution in macaques. In this study, we present evidence of a gene conversion event generating the Mafa-B*099 allele lineage by the combination of Mafa-B*054 and Mafa-B*095 allele lineages. A potential recombination between the Mafa-A3*13 and Mafa-A4:14 lineages was also observed, but it is less clear due to lack of intron 2 sequence. This report stresses the role that recombination can play in MHC class I diversity in cynomologus macaques, and the importance of introns in identifying and analyzing such events.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».