Abstract C29: Bladder cancer-associated single nucleotide polymorphisms of vascular endothelial growth factor in 12 human cell lines
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction: Vascular endothelial growth factor (VEGF), critical in angiogenesis, is important for solid tumor growth and metastasis. Three single nucleotide polymorphisms (SNP) in the promoter (rs833052, rs1109324 and rs1547651) and one in the 5′-UTR regions (rs25648) of VEGF have been associated with increased risk for bladder cancer, and one at intron 2 (rs3024994) with decreased risk in a large-scale case-control study. The genotype frequency of the five bladder cancer-associated SNPs among various ethnic groups is similar based on the dbSNP and the SNP500Cancer databases. The objective of this study was to determine the presence of these variants in a panel of 12 human bladder cancer cell lines. Methods: Twelve bladder cancer cell lines, commonly used in urological research and derived from various ethnic groups, were included in the study. Genotypes of the five SNPs were determined for the12 cell lines by direct PCR sequencing. The basal VEGF secretion by these cell lines in culture was measured by ELISA using a microsphere-based array (Millipore) and Luminex® xMAP technology. Results: The SNP genotype frequency was in agreement with that reported in the databases. The only bladder cancer-associated variant (rs833052: C>A) was detected in UM-UC-3, a cell line with many other genetic alterations. The secreted VEGF level in these cell lines as determined by ELISA varied considerably. No correlation between VEGF production and any particular SNP genotype could be established. Conclusions: The reported bladder cancer associated variants in VEGF was detected in only one of the twelve cell lines. Though these SNPs are all located in the regulatory regions, it appears that they have no effect on basal VEGF production in the cultured cells. Considering the low prevalence of these variants reported, the role of these SNPs in VEGF production and bladder cancer remains to be defined. Citation Information: Mol Cancer Ther 2009;8(12 Suppl):C29.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».