Lynch syndrome in a predominantly Afrocentric population: a clinicopathological and genetic study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: We investigated the prevalence of Lynch syndrome as a hereditary cause of colon cancer in the young Jamaican colorectal cancer (CRC) population. METHODS: We identified patients aged 40 years or younger in whom primary CRC was diagnosed at the University Hospital of the West Indies from January 2004 to December 2008. We reviewed the medical records and hematoxylin and eosin (H&E)-stained histopathology slides. Tumour blocks were tested for microsatellite instability (MSI). Patients with MSI-high phenotype (MSI-H) tumours had genetic counselling, after which genomic DNA was extracted from peripheral blood to test for MLH1 and MSH2 germline mutations. Patients also had pedigree mapping. RESULTS: There were 25 patients with CRC aged 40 years or younger with no history of hereditary colon cancer syndrome. The patients' mean age was 33 (range 21-40) years. Histopathologic review confirmed CRC in all patients; 8 of 25 (32%) showed morphologic features suggestive of MSI. We detected MSI-H in 5 of 23 (22%) tumour blocks tested. Review with H&E staining correctly identified 80% of cases positive for MSI-H. The false-positive rate and positive predictive value on H&E review was 50%. The negative predictive value of histomorphologic H&E review was 94%. Three patients were available for and had mutational analysis of DNA mismatch repair genes; 2 were positive for mutations in keeping with Lynch syndrome and 1 had MLH1 alterations of uncertain significance. All 3 met the Amsterdam criteria for hereditary nonpolyposis CRC. CONCLUSION: Thirteen percent of the population had mutations in keeping with Lynch syndrome. This prevalence is similar to that reported for white populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».