Molecular Survey of the Dissemination of Two <i>bla</i> <sub>KPC</sub> -Harboring IncFIA Plasmids in New Jersey and New York Hospitals
Notice bibliographique
Résumé
Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC)-producing K. pneumoniae strains have spread worldwide and become a major threat in health care facilities. Transmission of blaKPC, the plasmid-borne KPC gene, can be mediated by clonal spread and horizontal transfer. Here, we report the complete nucleotide sequences of two novel blaKPC-3-harboring IncFIA plasmids, pBK30661 and pBK30683. pBK30661 is 74 kb in length, with a mosaic plasmid structure; it exhibits homologies to several other plasmids but lacks the plasmid transfer operon (tra) and the origin of transfer (oriT) that are required for plasmid transfer. pBK30683 is a conjugative plasmid with a cointegrated plasmid structure, comprising a 72-kb element that highly resembles pBK30661 (>99.9% nucleotide identities) and an extra 68-kb element that harbors tra and oriT. A PCR scheme was designed to detect the distribution of blaKPC-harboring IncFIA (pBK30661-like and pBK30683-like) plasmids in a collection of clinical Enterobacteriaceae isolates from 10 hospitals in New Jersey and New York. KPC-harboring IncFIA plasmids were found in 20% of 491 K. pneumoniae isolates, and all carried blaKPC-3. pBK30661-like plasmids were identified mainly in the epidemic sequence type 258 (ST258) K. pneumoniae clone, while pBK30683-like plasmids were widely distributed in ST258 and other K. pneumoniae sequence types and among non-K. pneumoniae Enterobacteriaceae species. This suggests that both clonal spread and horizontal plasmid transfer contributed to the dissemination of blaKPC-harboring IncFIA plasmids in our area. Further studies are needed to understand the distribution of this plasmid group in other health care regions and to decipher the origins of pBK30661-like and pBK30683-like plasmids.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».