Structural Basis of Enzymatic Activity for the Ferulic Acid Decarboxylase (FADase) from Enterobacter sp. Px6-4
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Notice bibliographique
Résumé
Microbial ferulic acid decarboxylase (FADase) catalyzes the transformation of ferulic acid to 4-hydroxy-3-methoxystyrene (4-vinylguaiacol) via non-oxidative decarboxylation. Here we report the crystal structures of the Enterobacter sp. Px6-4 FADase and the enzyme in complex with substrate analogues. Our analyses revealed that FADase possessed a half-opened bottom β-barrel with the catalytic pocket located between the middle of the core β-barrel and the helical bottom. Its structure shared a high degree of similarity with members of the phenolic acid decarboxylase (PAD) superfamily. Structural analysis revealed that FADase catalyzed reactions by an "open-closed" mechanism involving a pocket of 8 × 8 × 15 Å dimension on the surface of the enzyme. The active pocket could directly contact the solvent and allow the substrate to enter when induced by substrate analogues. Site-directed mutagenesis showed that the E134A mutation decreased the enzyme activity by more than 60%, and Y21A and Y27A mutations abolished the enzyme activity completely. The combined structural and mutagenesis results suggest that during decarboxylation of ferulic acid by FADase, Trp25 and Tyr27 are required for the entering and proper orientation of the substrate while Glu134 and Asn23 participate in proton transfer.
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Prédiction distillée sur la base complète
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle