Time-Resolved Fluorescence Anisotropy in Assessing Side-Chain and Segmental Motions in Polyamines Entrapped in Sol−Gel Derived Silica
Notice bibliographique
Résumé
The side-chain and backbone dynamics of two model polyamines, polylysine (PL) and poly(allylamine) (PAM), were examined with time-resolved fluorescence anisotropy (TRFA) in aqueous solution and when the polyamines were entrapped into sol−gel derived silica. Both polyamines were ionically labeled with fluorescein, causing the rotational characteristics of the probe to be interconnected to the dynamics of the polyamine chain. TRFA studies of the probe−polyamine complex could be fit to two rotational components reflecting motions of the side chains (ps component) and short segments (ns component), respectively. The rate and amplitude of these motions were reproducibly higher for PL than PAM, indicative of a higher conformational flexibility in PL relative to PAM. This result was supported by molecular mechanics optimizations, which showed a much larger variance in the distance between adjacent amino groups in PL relative to PAM, consistent with more degrees of freedom in the more dynamic polyamine. When entrapped into sodium silicate (SS)-derived hydrogels, PL unexpectedly showed a high degree of segmental flexibility, while PAM experienced a significant damping of all detectable motions, accompanied by a large increase in the residual anisotropy. Since the random coil of PL can be considered as a model of flexible or denatured proteins with a high affinity toward the silica surface, we would expect the presence of segmental motions in such proteins when entrapped into a SS network, even if these are bound to the silica surface, in agreement with previous studies of such proteins entrapped in sol−gel glasses. On the other hand, PAM provides a useful model of more rigid proteins, such as antibodies, which show significant losses in dynamic motion upon entrapment in silica. The results show that the dynamics of proteins entrapped in silica materials must be viewed with caution, as it is possible to have significant dynamic motion even when proteins interact with the matrix.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».