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Enregistrement W2017090726 · doi:10.1021/jp0491109

Time-Resolved Fluorescence Anisotropy in Assessing Side-Chain and Segmental Motions in Polyamines Entrapped in Sol−Gel Derived Silica

2004· article· en· W2017090726 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Physical Chemistry B · 2004
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueHemoglobin structure and function
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChemistrySide chainFluorescence anisotropyAqueous solutionMolecular dynamicsAnisotropyFluorescenceRandom coilBiophysicsCrystallographyPolymerOrganic chemistryCircular dichroismBiochemistryComputational chemistryOpticsMembrane

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The side-chain and backbone dynamics of two model polyamines, polylysine (PL) and poly(allylamine) (PAM), were examined with time-resolved fluorescence anisotropy (TRFA) in aqueous solution and when the polyamines were entrapped into sol−gel derived silica. Both polyamines were ionically labeled with fluorescein, causing the rotational characteristics of the probe to be interconnected to the dynamics of the polyamine chain. TRFA studies of the probe−polyamine complex could be fit to two rotational components reflecting motions of the side chains (ps component) and short segments (ns component), respectively. The rate and amplitude of these motions were reproducibly higher for PL than PAM, indicative of a higher conformational flexibility in PL relative to PAM. This result was supported by molecular mechanics optimizations, which showed a much larger variance in the distance between adjacent amino groups in PL relative to PAM, consistent with more degrees of freedom in the more dynamic polyamine. When entrapped into sodium silicate (SS)-derived hydrogels, PL unexpectedly showed a high degree of segmental flexibility, while PAM experienced a significant damping of all detectable motions, accompanied by a large increase in the residual anisotropy. Since the random coil of PL can be considered as a model of flexible or denatured proteins with a high affinity toward the silica surface, we would expect the presence of segmental motions in such proteins when entrapped into a SS network, even if these are bound to the silica surface, in agreement with previous studies of such proteins entrapped in sol−gel glasses. On the other hand, PAM provides a useful model of more rigid proteins, such as antibodies, which show significant losses in dynamic motion upon entrapment in silica. The results show that the dynamics of proteins entrapped in silica materials must be viewed with caution, as it is possible to have significant dynamic motion even when proteins interact with the matrix.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,014
Score d'incertitude au seuil0,378

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,236
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle