Chlamydiae Host Cell Interactions Revealed Using DNA Microarrays
Notice bibliographique
Résumé
Chlamydiae are obligate intracellular bacterial parasites that infect eukaryotic cells and live their entire life cycle within a cytoplasmic vacuole or inclusion. We have employed cDNA microarray and conventional biological approaches to study the pathogen-host cell interaction during C. pneumoniae infection of eukaryotic cells. Two host cell signaling pathways, MEK/ERK and PI 3-kinase/Akt, were activated within 5 and 20 minutes, respectively, following infection with chlamydiae. Pharmacological inhibition of these pathways blocked invasion of HEp2 cells indicating that activation of these pathways was required for infection. Rho family GTPase activity was essential for invasion, since the pan-Rho GTPase inhibitor, compactin, blocked infection of HEp2 cells. cDNA microarrays and reverse transcriptase PCR were used to study host cell and chlamydial gene expression during the replication cycle. Analysis of host cell gene expression following infection with C. pneumoniae indicated that genes coding for cytokines, growth factors, and signaling molecules were upregulated, as early as 2 hours postinfection. Analysis of chlamydial gene expression indicated a temporal regulation of transcription with distinct early-, mid-, and late-cycle classes of RNA transcripts. Newly discovered genes encoding three Ser/Thr protein kinases and one protein phosphatase were upregulated 6-12 hours postinfection. One protein kinase, designated CpnPK1, was first detected at 12 hours postinfection, accumulated in the inclusion throughout the replication cycle, and may be a type III effector molecule. An increased understanding of chlamydial host cell interactions, in particular the role of various chlamydial proteins in infection and identification of essential virulence factors should provide novel targets for the development of new antimicrobials.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».