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Enregistrement W2017204232 · doi:10.4161/pri.27500

Identifying critical sites of PrP<sup>c</sup>-PrP<sup>Sc</sup>interaction in prion-infected cells by dominant-negative inhibition

2013· article· en· W2017204232 sur OpenAlexafffund
Yuzuru Taguchi, Hermann Schätzl

Notice bibliographique

RevuePrion · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePrion Diseases and Protein Misfolding
Établissements canadiensAlberta Bible CollegeUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeAlberta Prion Research InstituteNational Institutes of Health
Mots-clésMutantGene isoformPrion proteinContext (archaeology)ChemistryProtein–protein interactionCell biologyBiophysicsBiologyBiochemistryGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A direct physical interaction of the prion protein isoforms is a key element in prion conversion. Which sites interact first and which parts of PrP(c) are converted subsequently is presently not known in detail. We hypothesized that structural changes induced by PrP(Sc) interaction occur in more than one interface and subsequently propagate within the PrP(C) substrate, like epicenters of structural changes. To identify potential interfaces we created a series of systematically-designed mutant PrPs and tested them in prion-infected cells for dominant-negative inhibition (DNI) effects. This showed that mutant PrPs with deletions in the region between first and second α-helix are involved in PrP-PrP interaction and conversion of PrP(C) into PrP(Sc). Although some PrPs did not reach the plasma membrane, they had access to the locales of prion conversion and PrP(Sc) recycling using autophagy pathways. Using other series of mutant PrPs we already have identified additional sites which constitute potential interaction interfaces. Our approach has the potential to characterize PrP-PrP interaction sites in the context of prion-infected cells. Besides providing further insights into the molecular mechanisms of prion conversion, this data may help to further elucidate how prion strain diversity is maintained.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,011
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,275
Écart entre enseignants0,264 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2013
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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