MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2017650560 · doi:10.1111/j.1600-0587.2012.07361.x

A systematic comparison of summary characteristics for quantifying point patterns in ecology

2012· article· en· W2017650560 sur OpenAlexfundno aff
Thorsten Wiegand, Fangliang He, Stephen P. Hubbell

Notice bibliographique

RevueEcography · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineMathematics
ThématiqueMorphological variations and asymmetry
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaJohn D. and Catherine T. MacArthur FoundationSmithsonian InstitutionNational Science Foundation
Mots-clésEcologyk-nearest neighbors algorithmSpatial ecologyPoint pattern analysisCommon spatial patternSpatial distributionRange (aeronautics)MathematicsStatistical physicsComputer scienceStatisticsPhysicsArtificial intelligenceBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Many functional summary characteristics such as Ripley's K function have been used in ecology to describe the spatial structure of point patterns to aid understanding of the underlying processes. However, their use is poorly guided in ecology because little is understood how well single summary characteristics, or a combination of them, capture the spatial structure of real world patterns. Here, we systematically tested the performance of combinations of eight summary characteristics [i.e. pair correlation function g ( r ), K ‐function K ( r ), the proportion E ( r ) of points with no neighbor at distance r , the nearest neighbor distribution function D ( r ), the spherical contact distribution H s ( r ), the k th nearest‐neighbor distribution functions D k ( r ), the mean distance nn ( k ) to the k th neighbor, and the intensity function λ( x )]. To this end we used point pattern data covering a wide range of spatial structures including simulated (stationary) as well as real, possibly non‐stationary, patterns on tree species in a tropical forest in Panamá. To measure the information contained in a given combination of summary characteristics we used simulated annealing to reconstruct the observed patterns based only on the limited information provided by this combination and assessed how well other characteristics of the observed pattern were recovered. We found that the number of summary characteristics required to capture the spatial structure of stationary patterns varied between one (for patterns with near random structures) and three (for patterns with complex cluster and superposition structures), but with a robust ranking g ( r ), D k ( r ), and H s ( r ) that was largely independent on pattern idiosyncrasies. Stationary summary characteristics [with ranking g ( r ), D k ( r ), H s ( r ), E ( r )] captured small‐ to intermediate scale properties of non‐stationary patterns, but for describing large‐scale spatial structures the intensity function was required. Our finding revealed that the current practice in ecology of using only one or two summary characteristics bears danger that essential characteristics of more complex patterns would not be detected. The technique of pattern reconstruction presented here has wide applications in ecology.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,011
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,050
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,011
Score d'incertitude au seuil0,057

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0110,050
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0050,004
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0020,004
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,103
Tête enseignante GPT0,358
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations129
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueEcographyMême sujetMorphological variations and asymmetryTravaux en français237 207