χ<sub>1</sub> Torsion Angle Dynamics in Proteins from Dipolar Couplings
Notice bibliographique
Résumé
Experiments are presented for the measurement of one-bond carbon-proton dipolar coupling values at CH and CH2 ositions in 13C-labeled, approximately 50% fractionally deuterated proteins. 13Cbeta-1Hbeta dipolar couplings have been measured for 38 of 49 possible residues in the 63-amino-acid B1 domain of peptostreptococcal protein L in two aligning media and interpreted in the context of side-chain chi1 torsion angle dynamics. The beta protons for 18 of the 25 beta-methylene-containing amino acids for which dipolar data are available can be unambiguously stereoassigned, and for those residues which are best fit to a single rotamer model the chi(1) angles obtained deviate from crystal structure values by only 5.2 degrees (rmsd). The results for 11 other residues are significantly better fit by a model that assumes jumps between the three canonical (chi1 approximately -60 degrees, 60 degrees, 180 degrees ) rotamers. Relative populations of the rotamers are determined to within +/-6% uncertainty on average and correlate with dihedral angles observed for the three molecules in the crystal asymmetric unit. Entropic penalties for quenching chi1 jumps are considered for six mobile residues thought to be involved in binding to human immunoglobulins. This study demonstrates that dipolar couplings may be used to characterize both the conformation of static residues and side-chain motion with high precision.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».