Abstract 1428: A CpG island methylator phenotype defines a clinically aggressive subgroup of posterior fossa ependymoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Ependymoma is the third most common pediatric brain tumor and remains incurable in 45% of patients. It arises in the spinal cord, supratentorial brain, and most commonly in children, the posterior fossa (PF). We recently reported the identification of two molecularly and clinically distinct subgroups of PF ependymoma, which we named Group A and B. While patients with Group B tumors harbor a large number of gross chromosomal gains and losses (approx. 17 arm events per tumor) and have favorable prognoses (5 year PFS = 92%), patients with Group A tumors have balanced genomic profiles (approx. 1 arm event per tumor) with poor clinical outcomes (5 year PFS = 24%). We hypothesized that aberrant DNA methylation could be a mechanism driving the tumorigenesis of Group A PF ependymoma. To this end, we isolated methylated DNA in 92 ependymomas by Methyl Binding Domain 2 protein assisted recovery, and hybridized enriched DNA to promoter tiling arrays (Nimblegen). Using unsupervised hierarchical clustering we determined that the DNA methylation profiles of ependymoma were regionally specified, dividing tumors into subgroups according to their anatomical origin. Using both gene expression and DNA methylation platforms, we identified a subset of PF ependymoma, which clustered with spinal tumors, supporting the vast molecular differences between Group A and B PF ependymoma. We next compared the number of methylated genes identified in Group A versus B, and observed that Group A tumors exhibited a greater number of methylated genes at specific CpG islands, a feature described as a CpG island methylator phenotype (CIMP) in glioma, colon cancer, and breast cancer. We validated these findings in a non-overlapping cohort of 48 PF ependymomas, analyzed using a different array technology (Illumina Infinium 450K). Using various unsupervised clustering methods (HCL, K-MEANS, NMF, and SOM), we verified that Group A and B exhibited highly distinct DNA methylation profiles. Further, we confirmed that Group A tumours were defined by a greater overall number of methylated genes (A: 855, B: 233; Wilcoxon-Rank Sum Test), and a greater number of methylated genes per tumour (A: 511, B: 425; Wilcoxon-Rank Sum Test). We performed Gene Set Enrichment analysis and observed that many genes methylated in Group A exhibited a significant overlap with genes marked by the polycomb repressor (PRC2) complex in embryonic stem cells (p<0.0001, FDR<0.1%), a phenomenon seen in other cancer CIMPs. We propose two diverse mechanisms leading to tumourigenesis in Group A and B ependymoma. The greater number of chromosomal alterations in Group B suggests a Chromosomal Instability (CIN) phenotype, while the greater number of methylated CpG islands in Group A suggests a CpG island Methylator (CIMP) phenotype. Understanding these underlying mechanisms driving Group A and B pathogenesis may yield new leads for subgroup-specific treatments of PF ependymoma. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 103rd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2012 Mar 31-Apr 4; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2012;72(8 Suppl):Abstract nr 1428. doi:1538-7445.AM2012-1428
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».