Ammonia Regulates VID30 Expression and Vid30p Function Shifts Nitrogen Metabolism toward Glutamate Formation Especially when Saccharomyces cerevisiae Is Grown in Low Concentrations of Ammonia
Notice bibliographique
Résumé
The GATA family proteins Gln3p and Gat1p mediate nitrogen catabolite repression (NCR)-sensitive transcription in Saccharomyces cerevisiae. When cells are cultured with a good nitrogen source (glutamine, ammonia), Gln3p and Gat1p are restricted to the cytoplasm, whereas with a poor nitrogen source (proline), they localize to the nucleus, bind to the GATA sequences of NCR-sensitive gene promoters, and activate transcription. The target of rapamycin-signaling cascade and Ure2p participate in regulating the cellular localization of Gln3p and Gat1p. Rapamycin, a Tor protein inhibitor, like growth with a poor nitrogen source, promotes nuclear localization of Gln3p and Gat1p. gln3 Delta and ure2 Delta mutants are partially resistant and hypersensitive to growth inhibition by rapamycin, respectively. We show that a vid30 Delta is more rapamycin-sensitive than wild type but less so than a ure2 Delta. VID30 expression is modestly NCR-sensitive, responsive to deletion of URE2, and greatly increases in low ammonia medium. Patterns of gene expression in a vid30 Delta suggest that the Vid30p function shifts the balance of nitrogen metabolism toward the production of glutamate, especially when cells are grown in low ammonia. CAN1, DAL4, DAL5, MEP2, DAL1, DAL80, and GDH3 transcription is down-regulated by Vid30p function with proline as the nitrogen source. An effect, however, that could easily be indirect.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».