Notice bibliographique
Résumé
Most of us who teach protein structure have very likely stood in front of a class at some point and confidently stated that any two naturally occurring proteins displaying 40% sequence identity will be homologous and thus possess the same fold. A paper by Roessler et al. (1) in a recent issue of PNAS has definitively overturned this basic tenet by demonstrating that a pair of protein homologues displaying 40% identity exhibit markedly different folds. These proteins are both repressors of the Cro family and were identified in prophage sequences present in the genomes of the bacterial species, Pseudomonas fluorescens (Pfl 6) and Xylella fastidiosa (Xfaso 1). The atomic resolution structures of these proteins, solved by Roessler et al. using x-ray crystallography, reveal a similar N-terminal helix–turn–helix but widely diverging C-terminal regions; Xfaso 1 displays an all-helical monomeric fold, whereas the Pfl 6 C terminus forms an intertwined β-sheet dimer (Fig. 1 A). The conclusion that these proteins are descended from a common ancestor is strongly supported. An alignment of homologues of each of these protein shows that many positions are conserved across both groups of proteins even in the C-terminal region where the structures diverge (Fig. 1 B). This conservation pattern argues against a distinct C terminus being placed onto one of these proteins through a nonhomologous recombination event. The genomic context of the genes encoding these proteins with respect to other surrounding phage genes is also highly conserved, which implies a common ancestry and function.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,003 |
| Communication savante | 0,004 | 0,007 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,073 | 0,024 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».