Genetic diversity of<i>Verticillium dahliae</i>from olive trees in Tunisia based on RAMS and IGS-RFLP analyses
Notice bibliographique
Résumé
Forty-two isolates of Verticillium dahliae were recovered from stem and root samples of olive trees showing symptoms of verticillium wilt in various olive-growing regions in Tunisia. Each isolate was identified based on microscopic observations of morphological and cultural characteristics, pathogenicity tests, as well as PCR amplification using Vd1/Vd2 primers. Genetic diversity among the isolates was investigated using random amplified microsatellites (RAMS) and PCR-RFLP of intergenic spacer region (IGS) of ribosomal DNA (rDNA). A single fragment of approximately 1.7–2.1 kb was amplified from all isolates by PCR using primers CNL12 and CNS1. Digestion of the amplified IGS region with restriction enzyme RsaI produced similar banding patterns (1200 and 800 bp) for 40 isolates while individual and distinctive banding patterns (1100, 850 and 150 bp) were observed for two isolates. Using RAMS primers, nine, eight and four bands were produced when using primers CGA (2200, 1400, 1200, 1100, 1000, 650, 550, 500 and 350 bp), CCA (2000, 1200, 950, 850, 800, 550, 500 and 400 bp) and GT (2500, 2400, 700 and 500), respectively. A total of 21 polymorphic markers were scored when data from the RAMS experiments were combined. Overall, the results of this study revealed associations between the genetic diversity of the isolates and their pathogenicity phenotype, but not between genetic diversity and the geographic origin, suggesting that they are randomly spread across Tunisia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».