Going with the flow of autophagy in Crohnʼs disease: IRGM risk polymorphism found upstream
Notice bibliographique
Résumé
McCarroll SA, Huett A, Kuballa P, et al. Deletion polymorphism upstream of IRGM associated with altered IRGM expression and Crohn's disease. Nat Genet. 2008;40:1107–1112. Recent genome-wide association (GWA) and replication studies have implicated the autophagy genes ATG16L1 and IRGM genes as susceptibility genes for, in particular, Crohn's disease (CD). For the IRGM gene1, 2 the association signal resided upstream of the 5′ end of the gene. Efforts to identify potential causal variants in the coding regions of the gene had not been successful, as the identified variants were of low frequency and were not associated with CD risk. In order to further dissect the reported association between IRGM and CD, McCarroll et al3 extensively investigated the putative genomic region corresponding to the 5′ upstream region of IRGM. As initial efforts to genotype the segment in 34 HapMap samples resulted in numerous null genotypes, they postulated that the region may harbor “structural variations.” To confirm this, they analyzed 270 HapMap samples using a hybrid array of single nucleotide polymorphism (SNP) and copy-number probes (SNP6.0 array). Observations that 6 copy-number probes spanning a 13 –kb region near IRGM showed correlated variation in intensity scores across samples provided further evidence for the presence of a common copy-number polymorphism in the region. Follow-up quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assays indicated that the polymorphism was an insertion-deletion in perfect linkage disequilibrium (LD) with the GWA-identified lead SNP rs13361189. PCR capture and sequencing in 6 individuals demonstrated that the polymorphism led to the removal of 20,103 nucleotides that were replaced with 7 nucleotides.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,008 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».