A rare genotype of <i>Cryptococcus gattii</i> caused the cryptococcosis outbreak on Vancouver Island (British Columbia, Canada)
Notice bibliographique
Résumé
Cryptococcus gattii causes life-threatening infection of the pulmonary and central nervous systems in hosts with normal immunity and traditionally has been considered to be restricted geographically to tropical and subtropical climates. The recent outbreak of C. gattii in the temperate climate of Vancouver Island, BC, Canada, led to a collaborative investigation. The objectives of the current study were to ascertain the environmental source of the outbreak infections, survey the molecular types of the outbreak and environmental cryptococcal isolates, and determine the extent of genetic diversity among the isolates. PCR-fingerprinting and amplified fragment length polymorphism (AFLP) were used to examine the genotypes, and mating assays were performed to determine the mating type of the isolates. All outbreak and environmental isolates belonged to C. gattii. Concordant results were obtained by using PCR-fingerprinting and AFLP analysis. The vast majority of clinical and veterinary infections were caused by isolates of the molecular type VGII/AFLP6, but two were caused by molecular type VGI/AFLP4. All environmental isolates belonged to molecular type VGII/AFLP6. Two or three subtypes were observed within VGII/AFLP6 among outbreak and environmental isolates. All mating-competent isolates were of the alpha-mating type. The emergence of this usually tropical pathogen on Vancouver Island highlights the changing distribution of this genotype and emphasizes the importance of an ongoing collaborative effort to monitor the global epidemiology of this yeast.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».