A Molecular Signature of Proteinuria in Glomerulonephritis
Notice bibliographique
Résumé
Proteinuria is the most important predictor of outcome in glomerulonephritis and experimental data suggest that the tubular cell response to proteinuria is an important determinant of progressive fibrosis in the kidney. However, it is unclear whether proteinuria is a marker of disease severity or has a direct effect on tubular cells in the kidneys of patients with glomerulonephritis. Accordingly we studied an in vitro model of proteinuria, and identified 231 "albumin-regulated genes" differentially expressed by primary human kidney tubular epithelial cells exposed to albumin. We translated these findings to human disease by studying mRNA levels of these genes in the tubulo-interstitial compartment of kidney biopsies from patients with IgA nephropathy using microarrays. Biopsies from patients with IgAN (n = 25) could be distinguished from those of control subjects (n = 6) based solely upon the expression of these 231 "albumin-regulated genes." The expression of an 11-transcript subset related to the degree of proteinuria, and this 11-mRNA subset was also sufficient to distinguish biopsies of subjects with IgAN from control biopsies. We tested if these findings could be extrapolated to other proteinuric diseases beyond IgAN and found that all forms of primary glomerulonephritis (n = 33) can be distinguished from controls (n = 21) based solely on the expression levels of these 11 genes derived from our in vitro proteinuria model. Pathway analysis suggests common regulatory elements shared by these 11 transcripts. In conclusion, we have identified an albumin-regulated 11-gene signature shared between all forms of primary glomerulonephritis. Our findings support the hypothesis that albuminuria may directly promote injury in the tubulo-interstitial compartment of the kidney in patients with glomerulonephritis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».