Characterization of Structure, Divergence and Regulation Patterns of Plant Promoters
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Plant promoters have attracted increasing attention because of their irreplaceable role in modulating the spatio-temporal expression of genes interacting with transcription factors (TFs). Despite their importance, the basic characteristics of plant promoters are not well understood. In order to determine sequence diversity within promoter regions, evolutionary divergence of promoters between plant species, and the general structural characteristics of promoter sequences, we downloaded and analyzed 3922 plant promoter sequences from a wide range of plant species. The average plant promoter GC content was lower in dicotyledons than in monocotyledons, which might suggest different evolutionary pressures for promoter sequences between the two clades. Approximately 3.3% of plant promoters harbored minisatellite sequences, and 15.4% of plant promoters harbored microsatellite sequences (also called simple sequence repeats). Very few transposable elements were detected within the plant promoters. The most common transcription factor binding site (TFBS) motif was AGAGAGAGA, followed by TTAGGGTTT and then GCCGCC. Transcribed gene regions with promoters containing the corresponding TFBSs were predicted to be most commonly involved in metabolic processes, biological regulation, and stimulus response in plants. These results reveal some basic structural characteristics of plant promoters and clarify the evolutionary forces shaping plant promoters. This data might facilitate cloning of plant promoter sequences and aid in our understanding of gene spatio-temporal expression patterns in plants.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle