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Enregistrement W2019341121 · doi:10.1111/j.1365-2958.2007.05913.x

Systematic deletion analyses of the <i>fla</i> genes in the flagella operon identify several genes essential for proper assembly and function of flagella in the archaeon, <i>Methanococcus maripaludis</i>

2007· article· en· W2019341121 sur OpenAlexafffund
Bonnie Chaban, Sandy Y. M. Ng, Masaomi Kanbe, Ilana Saltzman, Graeme Nimmo, Shin‐Ichi Aizawa, Ken F. Jarrell

Notice bibliographique

RevueMolecular Microbiology · 2007
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBacterial Genetics and Biotechnology
Établissements canadiensQueen's University
Organismes subventionnairesCore Research for Evolutional Science and TechnologyNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaFundação Luso-Americana para o Desenvolvimento
Mots-clésFlagellumFlagellinMethanococcusOperonBiologyGeneMutantGeneticsSulfolobus acidocaldariusEscherichia coliArchaea

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The archaeal flagellum is a unique motility apparatus in the prokaryotic domain, distinct from the bacterial flagellum. Most of the currently recognized archaeal flagella-associated genes fall into a single fla operon that contains the genes for the flagellin proteins (two or more genes designated as flaA or flaB), some variation of a set of conserved proteins of unknown function (flaC, flaD, flaE, flaF, flaG and flaH), an ATPase (flaI) and a membrane protein (flaJ). In addition, the flaD gene has been demonstrated to encode two proteins: a full-length gene product and a truncated product derived from an alternate, internal start site. A systematic deletion approach was taken using the methanogen Methanococcus maripaludis to investigate the requirement and a possible role for these proposed flagella-associated genes. Markerless in-frame deletion strains were created for most of the genes in the M. maripaludis fla operon. In addition, a strain lacking the truncated FlaD protein [FlaD M(191)I] was also created. DNA sequencing and Southern blot analysis confirmed each mutant strain, and the integrity of the remaining operon was confirmed by immunoblot. With the exception of the DeltaFlaB3 and FlaD M(191)I strains, all mutants were non-motile by light microscopy and non-flagellated by electron microscopy. A detailed examination of the DeltaFlaB3 mutant flagella revealed that these structures had no hook region, while the FlaD M(191)I strain appeared identical to wild type. Each deletion strain was complemented, and motility and flagellation was restored. Collectively, these results demonstrate for first time that these fla operon genes are directly involved and critically required for proper archaeal flagella assembly and function.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,011
Score d'incertitude au seuil0,451

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,271
Écart entre enseignants0,259 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations106
Publié2007
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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