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Enregistrement W2019502270 · doi:10.1074/jbc.m110.110189

A Major Fraction of Glycosphingolipids in Model and Cellular Cholesterol-containing Membranes Is Undetectable by Their Binding Proteins

2010· article· en· W2019502270 sur OpenAlexafffund
Radhia Mahfoud, Adam Manis, Beth Binnington, Cameron Ackerley, Clifford A. Lingwood

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLipid Membrane Structure and Behavior
Établissements canadiensUniversity of TorontoHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchHospital for Sick Children
Mots-clésVesicleBiochemistryGlycosphingolipidCholesterolChemistryCeramideCell membraneSphingolipidBiologyMembrane

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Glycosphingolipids (GSLs) accumulate in cholesterol-enriched cell membrane domains and provide receptors for protein ligands. Lipid-based "aglycone" interactions can influence GSL carbohydrate epitope presentation. To evaluate this relationship, Verotoxin binding its receptor GSL, globotriaosyl ceramide (Gb(3)), was analyzed in simple GSL/cholesterol, detergent-resistant membrane vesicles by equilibrium density gradient centrifugation. Vesicles separated into two Gb(3/)cholesterol-containing populations. The lighter, minor fraction (<5% total GSL), bound VT1, VT2, IgG/IgM mAb anti-Gb(3), HIVgp120 or Bandeiraea simplicifolia lectin. Only IgM anti-Gb(3), more tolerant of carbohydrate modification, bound both vesicle fractions. Post-embedding cryo-immuno-EM confirmed these results. This appears to be a general GSL-cholesterol property, because similar receptor-inactive vesicles were separated for other GSL-protein ligand systems; cholera toxin (CTx)-GM1, HIVgp120-galactosyl ceramide/sulfatide. Inclusion of galactosyl or glucosyl ceramide (GalCer and GlcCer) rendered VT1-unreactive Gb(3)/cholesterol vesicles, VT1-reactive. We found GalCer and GlcCer bind Gb(3), suggesting GSL-GSL interaction can counter cholesterol masking of Gb(3). The similar separation of Vero cell membrane-derived vesicles into minor "binding," and major "non-binding" fractions when probed with VT1, CTx, or anti-SSEA4 (a human GSL stem cell marker), demonstrates potential physiological relevance. Cell membrane GSL masking was cholesterol- and actin-dependent. Cholesterol depletion of Vero and HeLa cells enabled differential VT1B subunit labeling of "available" and "cholesterol-masked" plasma membrane Gb(3) pools by fluorescence microscopy. Thus, the model GSL/cholesterol vesicle studies predicted two distinct membrane GSL formats, which were demonstrated within the plasma membrane of cultured cells. Cholesterol masking of most cell membrane GSLs may impinge many GSL receptor functions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,237
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations80
Publié2010
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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