Cloning two full-length beta-tubulin isotype cDNAs from <i>Cooperia oncophora</i>, and screening for benzimidazole resistance-associated mutations in two isolates
Notice bibliographique
Résumé
Two full-length beta-tubulin cDNAs, representing isotypes 1 and 2, were cloned from the cattle nematode Cooperia oncophora. The predicted protein sequences span 448 amino acids, and show a high degree of identity to beta-tubulins from other nematodes. While C. oncophora isotype 1 sequence had the highest identity to Haemonchus contortus isotype 1 and Teladorsagia circumcincta sequences (95% identity), the C. oncophora isotype 2 sequence was most similar to H. contortus isotype 2 and Trichostrongylus colubriformis (92% identity). Alignment of the two C. oncophora sequences with other trichostrongylid beta-tubulins deposited in GenBank showed a clear distinction between isotype 1 and 2 beta-tubulin classes. The two classes differed at 19 amino acid positions, most notably at the carboxy terminus. These isotype-defining residues were conserved among different trichostrongylid species within a class. Analysis of fragments of both genes revealed a high degree of genetic variability in coding and non-coding regions. However, all nucleotide differences detected in the coding region were silent, as they did not result in any amino acid substitution. Analysis of 2 groups of worms for the codon 200 polymorphism associated with benzimidazole resistance revealed a proportion of worms in 1 of the groups bearing a tyrosine at this position.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».