SubpathwayMiner: a software package for flexible identification of pathways
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
With the development of high-throughput experimental techniques such as microarray, mass spectrometry and large-scale mutagenesis, there is an increasing need to automatically annotate gene sets and identify the involved pathways. Although many pathway analysis tools are developed, new tools are still needed to meet the requirements for flexible or advanced analysis purpose. Here, we developed an R-based software package (SubpathwayMiner) for flexible pathway identification. SubpathwayMiner facilitates sub-pathway identification of metabolic pathways by using pathway structure information. Additionally, SubpathwayMiner also provides more flexibility in annotating gene sets and identifying the involved pathways (entire pathways and sub-pathways): (i) SubpathwayMiner is able to provide the most up-to-date pathway analysis results for users; (ii) SubpathwayMiner supports multiple species ( approximately 100 eukaryotes, 714 bacteria and 52 Archaea) and different gene identifiers (Entrez Gene IDs, NCBI-gi IDs, UniProt IDs, PDB IDs, etc.) in the KEGG GENE database; (iii) the system is quite efficient in cooperating with other R-based tools in biology. SubpathwayMiner is freely available at http://cran.r-project.org/web/packages/SubpathwayMiner/.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle