Life without Oxygen: Gene Regulatory Responses of the Crucian Carp (Carassius carassius) Heart Subjected to Chronic Anoxia
Notice bibliographique
Résumé
Crucian carp are unusual among vertebrates in surviving extended periods in the complete absence of molecular oxygen. During this time cardiac output is maintained though these mechanisms are not well understood. Using a high-density cDNA microarray, we have defined the genome-wide gene expression responses of cardiac tissue after exposing the fish at two temperatures (8 and 13 °C) to one and seven days of anoxia, followed by seven days after restoration to normoxia. At 8 °C, using a false discovery rate of 5%, neither anoxia nor re-oxygenation elicited appreciable changes in gene expression. By contrast, at 13 °C, 777 unique genes responded strongly. Up-regulated genes included those involved in protein turnover, the pentose phosphate pathway and cell morphogenesis while down-regulated gene categories included RNA splicing and transcription. Most genes were affected between one and seven days of anoxia, indicating gene regulation over the medium term but with few early response genes. Re-oxygenation for 7 days was sufficient to completely reverse these responses. Glycolysis displayed more complex responses with anoxia up-regulated transcripts for the key regulatory enzymes, hexokinase and phosphofructokinase, but with down-regulation of most of the non-regulatory genes. This complex pattern of responses in genomic transcription patterns indicates divergent cardiac responses to anoxia, with the transcriptionally driven reprogramming of cardiac function seen at 13 °C being largely completed at 8 °C.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».