Microarray analysis for identification of<i>Plasmodium</i>-refractoriness candidate genes in mosquitoes
Notice bibliographique
Résumé
The identification and cloning of genes conferring mosquito refractoriness to the malaria parasite is critical for understanding malaria transmission mechanisms and holds great promise for developing novel approaches to malaria control. The mosquito midgut is the first major site of interaction between the parasite and the mosquito. Failure of the parasite to negotiate this environment can be a barrier for development and is likely the main cause of mosquito refractoriness. This paper reports a study on Aedes aegypti midgut expressed sequence tag (EST) identification and the determination of genes differentially expressed in mosquito populations susceptible and refractory to the avian malaria parasite Plasmodium gallinaceum. We sequenced a total of 1200 cDNA clones and obtained 1183 high-quality mosquito midgut ESTs that were computationally collapsed into 105 contigs and 251 singlets. All 1200 midgut cDNA clones, together with an additional 102 genetically or physically mapped Ae. aegypti clones, were spotted on single arrays with 12 replicates. Of those interrogated microarray elements, 28 (2.3%) were differentially expressed between the susceptible and refractory mosquito populations. Twenty-seven elements showed at least a two-fold increase in expression in the susceptible population level relative to the refractory population and one clone showed reduced expression. Sequence analysis of these differentially expressed genes revealed that 10 showed no significant similarity to any known genes, 6 clones had matches with unannotated genes of Anopheles gambiae, and 12 clones exhibited significant similarity to known genes. Real-time quantitative RT-PCR of selected clones confirmed the mRNA expression profiles from the microarray analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».