Comparison of lethal versus non-lethal sample sources for the detection of infectious salmon anemia virus (ISAV)
Notice bibliographique
Résumé
The emergence of infectious salmon anemia virus (ISAV) in Canada and the USA has led to the establishment of ISAV surveillance programs for cultured Atlantic salmon (Salmo salar L.) and wild fish species, including Atlantic salmon. Current testing procedures for ISAV consist of viral culture, reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and indirect fluorescent antibody testing (IFAT), and require lethal sampling. As the focus of this study, blood was evaluated as a possible non-lethal sample source for ISAV diagnostic screening by viral culture and RT-PCR. Tissue samples (consisting of kidney/spleen for viral culture or kidney only for RT-PCR), blood and, to a lesser extent, mucus were tested from Atlantic salmon survivors of laboratory ISAV infection trials and moribund fish from marine salmon grow-out facilities participating in a USDA-sponsored surveillance program. The trial fish represented a potential carrier population, while the surveillance fish were composed of moribund individuals from ISA clinical sites. Sample sources and diagnostic techniques were compared. Blood compared well to tissue samples for viral culture and produced a greater number of positives than did kidney samples for ISAV detection by RT-PCR. RT-PCR using both kidney and blood samples was determined to be a more sensitive assay than viral isolation. Mucus did not perform well in either assay compared to the other sample sources. Blood appears to be a reliable non-lethal sample source for the detection of ISAV by viral culture and RT-PCR in both moribund and asymptomatic fish.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».