First Report of <i>Coleus blumei viroid 5</i> from <i>Coleus blumei</i> in India and Indonesia
Notice bibliographique
Résumé
Coleus blumei, which was found originally in Indonesia, is an ornamental plant grown worldwide. It can be infected by several viroids of the genus Coleviroid, family Pospiviroidae. Six main viroids that infect coleus have been reported: Coleus blumei viroid 1 through 6 (CbVd-1 ~ CbVd-6). Although CbVd-1 was first reported in a commercial coleus in Brazil in 1989 (1), and then in Germany, Japan, Canada, Korea, China, and India, CbVd-5 was reported only in China in 2009 (2). Symptoms caused by CbVd-5 varied depending on different cultivars, and in case of an unknown cultivar of “Red with dark green edge,” are very clear albino symptoms. From 2010 to 2011, 60 and 3 leaf samples of coleus were collected from Hyderabad, India, and Java, Indonesia, respectively, and subjected to low molecular weight RNA extraction according to Li et al. (3). The results of dot-blot hybridization using CbVd-5 cRNA probes and RT-PCR using CbVd-5 specific primers (CbVd-5-P F : 5′-TGACTAGAACAGTAGTAAAG-3′ / CbVd-5-P R : 5′-AATTGAGGTCAAACCTCTTT-3′) demonstrated that 28 out of the 60 samples from India and all three samples from Indonesia were positive for CbVd-5. The resulting RT-PCR fragments from one sample selected randomly from each country were cloned into the pMD18-T vector (Takara) and transformed into E. coli DH5α competent cells. Five positive clones of each sample were sequenced. The result of sequence analysis revealed that the similarities of CbVd-5 between the sequences we obtained and the reference sequence (GenBank Accession No. NC003683) were 97.8 to 100%. Bioassay using nine viroid-free coleus plants from three cultivars (three from each cultivar), inoculated with CbVd-5 infectious clones by stem slashing, demonstrated that CbVd-5 could induce albino symptom on the leaves of the unknown cultivar “Red with dark green edge” 2 months after inoculation. To our knowledge, this is the first report of CbVd-5 from India and Indonesia, and the second report of CbVd-5 in the world. Considering the effect of CbVd-5 on the appearance of coleus and its recombination ability, a certification program may be needed to control the spread of this viroid. References: (1) M. E. N. Fonseca et al. Fitopatol. Bras. 14:94, 1989. (2) W. Y. Hou et al. Arch. Virol. 154:315, 2009. (3) S. F. Li et al. Ann. Phytopathol. Soc. Jpn. 61:381, 1995.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».