Broad Epigenetic Signature of Maternal Care in the Brain of Adult Rats
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Maternal care is associated with long-term effects on behavior and epigenetic programming of the NR3C1 (GLUCOCORTICOID RECEPTOR) gene in the hippocampus of both rats and humans. In the rat, these effects are reversed by cross-fostering, demonstrating that they are defined by epigenetic rather than genetic processes. However, epigenetic changes at a single gene promoter are unlikely to account for the range of outcomes and the persistent change in expression of hundreds of additional genes in adult rats in response to differences in maternal care. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: We examine here using high-density oligonucleotide array the state of DNA methylation, histone acetylation and gene expression in a 7 million base pair region of chromosome 18 containing the NR3C1 gene in the hippocampus of adult rats. Natural variations in maternal care are associated with coordinate epigenetic changes spanning over a hundred kilobase pairs. The adult offspring of high compared to low maternal care mothers show epigenetic changes in promoters, exons, and gene ends associated with higher transcriptional activity across many genes within the locus examined. Other genes in this region remain unchanged, indicating a clustered yet specific and patterned response. Interestingly, the chromosomal region containing the protocadherin-α, -β, and -γ (Pcdh) gene families implicated in synaptogenesis show the highest differential response to maternal care. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: The results suggest for the first time that the epigenetic response to maternal care is coordinated in clusters across broad genomic areas. The data indicate that the epigenetic response to maternal care involves not only single candidate gene promoters but includes transcriptional and intragenic sequences, as well as those residing distantly from transcription start sites. These epigenetic and transcriptional profiles constitute the first tiling microarray data set exploring the relationship between epigenetic modifications and RNA expression in both protein coding and non-coding regions across a chromosomal locus in the mammalian brain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».