Truncation in the tcdC region of the Clostridium difficilePathLoc of clinical isolates does not predict increased biological activity of Toxin B or Toxin A
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The increased severity of disease associated with the NAP1 strain of Clostridium difficile has been attributed to mutations to the tcdC gene which codes for a negative regulator of toxin production. To assess the role of hyper-production of Toxins A and B in clinical isolates of Clostridium difficile, two NAP1-related and five NAP1 non-related strains were compared. METHODS: Sequencing was performed on tcdC, tcdR, and tcdE to determine if there were differences that might account for hyper-production of Toxin A and Toxin B in NAP1-related strains. Biological activity of Toxin B was evaluated using the HFF cell CPE assay and Toxin A biological activity was assessed using the Caco-2 Trans-membrane resistance assay. RESULTS: Our results confirm that Toxin A and Toxin B production in NAP1-related strains and ATCC 43255 occurs earlier in the exponential growth phase compared to most NAP1-nonrelated clinical isolates. Despite the hyper-production observed in ATCC 43255 it had no mutations in tcdC, tcdR or tcdE. Analysis of the other clinical isolates indicated that the kinetics and ultimate final concentration of Toxin A and B did not correlate with the presence or lack of alterations in tcdC, tcdR or tcdE. CONCLUSION: Our data do not support a direct role for alterations in the tcdC gene as a predictor of hyperproduction of Toxin A and B in NAP1-related strains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».